对于理学被皇帝有意的打压，众多卫道之士生气、发怒，无能狂怒到如丧考妣，耿定向不过是其中的一个代表。在京师百万计的人口中，真正在意的又有几人？
自从朱熹写出“兀然存心乎草木、器用之间，此何学问！如此而望有所得，是炊沙而欲成饭也。”之论后，道学就成为了格物学不共戴天的敌人，尽管他的学说在元明两朝处于官方哲学的地位，朱翊钧也必然要黜之而后快的。
当然，作为后世的干部，朱翊钧对思想领域的工作极端重视。后世中国的道统，一言以蔽之：“马克思主义的中国化”，经典著作都被写入宪法，义务教育也轮番灌输。然而，在思想领域，资产阶级自由化思想仍然倔强生长，个别时候甚至能占领舆论高地，究其本因，不过是经济基础决定而已。
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