往北*京，但因为当时朝中很多人反对迁都，所以朱棣还在南京留下了一部分组成了南京六部。
到了明中后期，南京六部基本上成了养老部门，那些因为党争失去权柄，或者年老体弱等待退休的官员，纷纷跑到南京这里养老。六部原本官员就不多，所以南京六部只保留一个尚书或者侍郎主持工作，在加七八个中层官员组成一个影子内阁。
六部中兵部还算比较有权利的部门，嘉靖年间西南沿海倭寇四起，为了就近指挥平倭军队，朝廷将南直隶、江西、浙江几省军事划归南京兵部管理，崇祯年间北方乱成一团，朝廷连北方的事情都管不过来，那里有空管南方的事情，所以南方七省的军务都给了南京兵部负责，就这样南京兵部算是南京六部中权利最重的一个。
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