原来奈特已经找到了他的孩子，现在担任学院领导人的圣父。但和游戏中不一样的是，当他把诺拉一起叫到学院里的时候，他们的孩子尚恩因为绝症已经奄奄一息，最后死在了他们的怀里。但这比游戏里面已经幸运得多了，至少在时隔60年后，他们一家又重新团聚了。
不过临死前圣父尚恩把自己的位置交给了奈特，奈特通过一系列谈判与战斗镇压了学院里的反对者后。以承诺停止对地面的所有敌对行为。不再使用合成人替换废土居民，释放所有愿意自由的合成人以及暂停有自我意识的和成人制造为代价取得了铁路的和解。
当然铁路方面也承认，之前洗掉合成人的记忆并注入他们编织好的记忆以及对合成人整容之类的事情，只是在那种困难的环境下的某种应急措施。以后他们只会重新编织自愿改变记忆的合成人的记忆。
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